南京水利科學研究院建于1935年，原名中央水工試驗所，是我國最早成立的綜合性水利科學研究機構。2001年被確定為國家級社會公益類非營利性科研機構。2009年中央編辦批準更名水利部 交通運輸部 國家能源局南京水利科學研究院。主要從事基礎理論、應用基礎研究和高新技術開發(fā)，承擔水利、交通、能源等領域中具有前瞻性、基礎性和關鍵性的科學研究任務，兼作水利部大壩安全管理中心、水利部水閘安全管理中心、水利部應對氣候變化研究中心、水利部基本建設工程質量檢測中心、水利部水文儀器及巖土工程儀器質量監(jiān)督檢驗測試中心。

現(xiàn)設水文水資源研究所、水工水力學研究所、河流海岸研究所、巖土工程研究所、材料結構研究所、大壩安全與管理研究所、水利部農(nóng)村電氣化研究所、水利部南京水利水文自動化研究所、農(nóng)村水利科學研究推廣中心、生態(tài)環(huán)境研究中心、 海洋資源利用研究中心等研究機構和南京瑞迪建設科技有限公司等研發(fā)機構。

南京水科院是國家首批相關學科博士、碩士學位授予權單位，現(xiàn)設有水利工程一級學科博士點及12個學科碩士點，設有水利工程博士后流動站。

南京水利科學研究院博士點