對于研究所的專業(yè)碩士來說，在申請博士項目的過程中可能需要面臨和解決一些具有挑戰(zhàn)性的問題。

首先，來自研究所的專業(yè)碩士的考生需要理解，他們的研究背景可能和申請的博士項目有所不同。因為研究所的專業(yè)碩士課程通常更注重專業(yè)技能的培訓和實踐應用，對于理論研究和學術性的訓練相對較少。因此，考生需要在申請過程中充分展現(xiàn)自己在相關領域的知識基礎和研究能力，甚至可能需要花費額外的時間和精力去補充相關的學術背景。

其次，研究所專業(yè)碩士生在申請博士項目時，可能需要面臨的另一個挑戰(zhàn)是缺乏研究經(jīng)驗。由于多數(shù)專業(yè)碩士項目的設計初衷并不是為了培養(yǎng)學術研究型人才，因此，他們可能沒有過多的機會參與到具有挑戰(zhàn)性的研究項目中。對此，考生可能需要尋找機會參加實習、研究項目或者以其他形式積累研究經(jīng)驗。

最后，考生需要找到愿意提供指導和支持的博士研究導師。因為考生可能在之前的學習經(jīng)歷中沒有過多接觸到學術研究，因此，找認同自己并且有能力指導自己的導師顯得尤為重要。

專碩考博的難度較學術碩士更大的原因是專業(yè)碩士修學年限一般較同專業(yè)的學術碩士短，基本上都是兩年。兩年意味著考生需要從剛讀研就要考慮考博問題，或者剛到研二就要確定考博的專業(yè)，學校及導師，并且需要開始著手復習。不論是考試制的復試面試環(huán)節(jié)還是考核制，都是科研成果越多，發(fā)表的論文或參加的國內(nèi)外學術會議越多越加分。那么專碩較學碩少了一年就少了很多參會或者發(fā)表論文參加科研項目的機會，面試和考核時的競爭力相對就會弱一些。

總的來說，雖然研究所的專業(yè)碩士在申請博士研究生項目時可能會遇到一些挑戰(zhàn)，但只要他們有清晰的目標，付出必要的努力，并取得必要的指導和支持，考生就有可能成功地實現(xiàn)從專業(yè)碩士到博士的轉(zhuǎn)變。