根據(jù)《印花稅法》第五條規(guī)定，應(yīng)稅合同的計稅依據(jù)為合同所列金額，不包括列明的增值稅稅款。若合同中單獨列明增值稅金額，則計稅依據(jù)不包含增值稅；若未單獨列明，則計稅依據(jù)包含增值稅。例如，一份銷售合同總價113萬元，其中不含稅金額100萬元，增值稅13萬元，則印花稅計稅依據(jù)為100萬元。

一、計算方法

1、明確增值稅列明情況：若合同中分別列明不含稅金額和增值稅額，則以不含稅金額作為計稅依據(jù)。例如，租賃合同總金額為100,000元，增值稅率為9%，則不含稅金額為100,000÷(1+9%)≈91,743.12元，印花稅計稅依據(jù)即為91,743.12元。

2、未列明增值稅時的處理：若合同未單獨列明增值稅，則計稅依據(jù)包含增值稅。例如，合同約定商品價格113萬元，未分別列明不含稅金額和增值稅額，則印花稅計稅依據(jù)為113萬元。

3、公式應(yīng)用：對于含稅金額，可通過公式“不含稅金額=含稅金額÷(1+增值稅率)”進行換算。例如，合同含稅金額為10,000元，增值稅率為13%，則不含稅金額為10,000÷(1+13%)≈8,850元，印花稅按8,850元計算。

二、特殊情形處理

1、價外費用處理：若合同中包含價外費用（如運輸費、裝卸費等）且計算增值稅，處理原則同上。例如，合同約定商品價格100萬元，另加運輸費10萬元（含稅），需分別計算不含稅金額后匯總作為計稅依據(jù)。

2、混合稅率合同處理：若合同包含不同增值稅率項目，應(yīng)分別列明各項金額及對應(yīng)增值稅，否則可能從高計稅。例如，合同同時包含13%和9%稅率的商品，需明確區(qū)分不同稅率對應(yīng)的金額。

3、境外交易處理：與境外企業(yè)簽訂的合同，若涉及增值稅免稅或零稅率，需明確合同金額是否含稅。例如，跨境服務(wù)合同約定價款100萬元（免稅），則計稅依據(jù)為100萬元。

三、實務(wù)建議

1、合同條款明確化：建議在合同中分別列明不含稅金額、增值稅率和增值稅額，避免爭議。例如，在銷售合同中明確“不含稅金額100萬元，增值稅13萬元，總價113萬元”。

2、完善內(nèi)部管理流程：財務(wù)部門應(yīng)與法務(wù)、業(yè)務(wù)部門溝通，建立標(biāo)準(zhǔn)合同模板，確保計稅依據(jù)清晰。例如，制定包含稅務(wù)條款的合同模板，規(guī)范金額列示方式。

3、留存相關(guān)資料：妥善保管合同、協(xié)議等原始憑證，以備稅務(wù)機關(guān)檢查。例如，將合同原件、發(fā)票、計算過程等資料歸檔保存。

4、關(guān)注地方執(zhí)行口徑：各地稅務(wù)機關(guān)在實際執(zhí)行中可能有細(xì)微差異，建議咨詢當(dāng)?shù)囟悇?wù)機關(guān)。例如，部分地區(qū)可能對特定行業(yè)有額外規(guī)定。